James M Ferguson
Bioinformático
Soy un bioinformático especializado en tecnologías genómicas, secuenciación de nanoporos en tiempo real, análisis de señales, aprendizaje automático y hardware asociado. Tengo experiencia en desarrollo de software y más de una década de experiencia en la industria de la patología.
Intereses de investigación
Soy analista de sistemas genómicos en el Instituto Garvan con experiencia en pruebas de patología clínica, algoritmos y desarrollo de software. Liderando el desarrollo computacional dentro del Grupo de Tecnologías Genómicas del Centro de Genómica de Población, aplico mis habilidades únicas para desarrollar nuevas herramientas bioinformáticas, así como para diseñar y respaldar la infraestructura de secuenciación de nanoporos.
Mis áreas de investigación incluyen:
-
Análisis de señal de nanoporos
-
Pruebas clínicas y desarrollo de métodos.
-
Trastornos de repetición corta en tándem
-
Genómica viral (VIH/SARS-Cov-2)
-
Secuenciación unicelular
-
Secuenciación directa de ARN
-
ensamblaje del genoma
-
Detección de metilación
-
Aprendizaje automático/profundo
Aspectos destacados de la publicación
Ferguson, JMy MA Smith (2019). "SquiggleKit: un conjunto de herramientas para manipular datos de señales de nanoporos.Bioinformática 35(24): 5372-5373.
Smith, MA, T. Ersavas,JM Ferguson, H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton y EM Novoa (2020). "Codificación de barras molecular de ARN nativo mediante secuenciación de nanoporos y aprendizaje profundo." Genoma Res 30(9): 1345-1353.
Ferguson, JM, H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James e IW Deveson (2021). "InterARTIC: una aplicación web interactiva para el análisis de secuenciación de nanoporos del genoma completo del SARS-CoV-2 y otros virus."Bioinformática.